Sa connaissance du cœur et des péchés de ceux qui venaient à lui l’ont rendu particulièrement populaire comme confesseur. Padre Pio était même capable de passer jusqu’à 19 heures par jour dans son confessionnal. Et pourtant, l’une de ses faiblesses fut son incapacité à rester calme et recueilli dans le confessionnal.
Dans son livre Padre Pio : The True Story, le théologien et pasteur américain C. Bernard Ruffin explique que le capucin a souvent perdu son sang-froid. Néanmoins, il se repentait toujours après cela : "En juin 1920, il écrit au Père Benedetto : "Mon seul regret est que, involontairement et involontairement, j'élève parfois la voix en corrigeant les gens. Je me rends compte que c'est une faiblesse honteuse, mais comment puis-je l'éviter si cela se produit sans que j'en sois conscient ? Bien que je prie et m'en plaigne auprès de Notre-Seigneur, Il ne m'a toujours pas entièrement entendu. Aussi, malgré toute ma vigilance, je fais parfois ce que je déteste vraiment et que je veux éviter". Comme le précise C. Bernard Ruffin, Padre Pio pensait aussi que parfois sa colère pouvait être "le reflet de l'indignation de Dieu".
L'une des raisons pour lesquelles Padre Pio pouvait également se mettre en colère au confessionnal était de rencontrer un pénitent qui n'était pas vraiment contrit pour ses péchés. Un jour, il a même refusé l'absolution à plusieurs de ces pénitents, leur demandant de revenir quand ils seraient prêts. La plupart retournait au confessionnal, reconnaissant le poids de leurs péchés et professant un vrai repentir.
Quoi qu’il en soit, ces petites pertes de patience n’ont semble-t-il jamais porté atteinte à son image de confesseur hors pair.
