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Du IVe au VIIe siècle, la vallée de Natrun — c’est la signification de "Wadi El Natrun" — devient d’ailleurs l’un des hauts lieux spirituels d’Afrique du Nord et du Proche-Orient, et ce même durant la conquête de l’Égypte par les musulmans. À ses plus belles heures, la vallée compte jusqu'à 50.000 moines, et ses bibliothèques abritent encore aujourd’hui plus de 3.000 manuscrits à la valeur inestimable.
Comme l’a écrit en 2017 Francisco Carrión dans une chronique publiée dans le journal espagnol El Mundo, "ce bout de désert inhospitalier résonne d’échos bibliques". D’après la tradition, c’est par là que passèrent Joseph et Marie en voulant protéger Jésus de la persécution d’Hérode. Tout comme les carmélites à Haifa, les premiers ermites qui s’établissent en ce lieu y sont attirés par ces récits de la tradition biblique.
La naissance de ces communautés est l’une des plus grandes contributions des coptes au monde chrétien. Au départ, explique Francisco Carrión, c’est semble-t-il un mariage arrangé qui est à l’origine de tout cela. En l’an 313, dans un petit village du delta du Nil, un jeune homme du nom de Amoun (le futur saint Amoun) est forcé au mariage par son oncle à l’âge de 20 ans. Lors de la nuit de noces, il convainc sa femme de vivre communément une vie de frère et de sœur en se donnant à Dieu, ce qu’ils font durant environ 18 ans, respectant strictement le célibat.
Finalement, Amoun quitte le foyer et se retire dans le désert. Sa femme fonde un petit couvent dans sa maison. Une fois parvenu dans le désert de Nitrie, Amoun creuse sa cellule d’ermite de ses mains. Il y passe les 22 dernières années de sa vie, en inspirant d’autres à faire de même. C'est ainsi que sont nées les premières communautés de Wadi El Natrun.