Cette autre main, c'est celle de la Vierge Marie. En effet, lorsque le Pape se réveille à l’hôpital, il fait le lien aussitôt : l’attentat a eu lieu le jour anniversaire de la première apparition de la Vierge aux voyants de Fatima. Il demande alors à ce qu'on lui apporte la troisième partie du secret que Sœur Lucie a écrit par obéissance à son évêque en 1944 et qui était gardé au Vatican depuis 1957. Jean XXIII et Paul VI l’avaient lu mais n'en avait pas révélé le contenu. Jean Paul II ne l’avait pas encore lu, et à l’hôpital, il découvre que la Vierge avait annoncé son assassinat.
Le Pape mettra en application ce que la Vierge demandait et qui n’avait pas été encore fait, à savoir, la consécration du monde à Marie le 7 juin 1981. Et il ira à Fatima consacrer de nouveau le monde à Marie le 13 mai 1982 en faisant fixer dans la couronne de la Vierge la balle qui avait traversée son corps. Quelques années plus tard, en 1989, le mur du communisme s'est effondré comme annoncé dans le secret.
Le 13 mai 2000, le pape Jean Paul II se rend à Fatima pour béatifier les deux voyants Francesco et Jacinthe. Il rencontre Sœur Lucie. Quelques jours plus tard, le cardinal Ratzinguer, alors préfet de la Congrégation pour la doctine de la foi, publie un document qui explique le contenu de ce troisième secret.